CT系统采集到图像是2D的投影图像，如果要看到空间的3D结构，必须通过重建的手段来还原。重建是一种3D图像的重塑手段，重建的尺寸大小在算法上可以人为地去设置。理论上，重建尺寸设置得越小，能得到越高清的图像，但是如果将重建尺寸设置的小于系统的空间分辨率，并没有意义，也不能进一步提高图像质量，只是将图像增大。所以实际上重建尺寸根据系统的分辨率以及样本扫描目的着情设置就好，比如离体样本时重建尺寸偏小设置，样本时重建尺寸可偏大设置。
在骨成像及定量分析方面的应用
显微CT成像对骨质疏松症的研究尤为重要，特别是疾病进展和治LX果，因为它是少数能够提供骨矿物质含量和密度信息的成像技术之一。通过高分辨率的显微CT测量这些变化，有助于开发ZL剂并理解控制这些过程的分子机制。
在环境科学的应用
鱼耳石是鱼的生命过程和环境相互作用的产物，记载了生长过程的大量环境信息，可客观记录水体环境的历史变迁及低浓度污染物的富集。
在兔胫骨建模过程中的应用
由 Micro-CT 断层影像可见，对照组胫骨影像解剖结构清晰可见，对比度和锐利度良好，未出现明显伪影和噪声，骨髁松质骨均匀，骨小梁结构连续，厚度分布均匀，呈现规则的海绵网状结构，皮质骨形貌完整，无异常的肿胀或缺损，建模 2周，骨髁松质骨骨质，骨小梁结构连续性改变，少量骨小梁断裂，皮质骨出现空洞，骨质破坏，骨窗及骨窗上部骨质疏松明显。
显微CT是医学研究的基本仪器，近年来在植物科学方面的应用不断增加。它可以对样品进行无损检测，揭示样品的2D结构和3D结构，是弥合形态学和分子研究差距的理想工具。显微CT在植物方面初用于研究根的发育，后来研究了样品密度和背景有强烈差异而可以区分的样品，如种子、花结构、维管、叶结构、草酸钙晶体、嫁接结构等。
目前国际上使用的很多研究种子的先进技术大多是利用荧光法研究种子活力或其萌发率，这些方法能够高通量地达到某些研究目的，但始终无法得知种皮内部的结构和动态变化过程。
显微CT 可以广泛应用于对植物种子内部结构变化的研究。可以无损地探索不同植物种子腔体、胚和胚乳的变化，评估种子的出芽率和质量，测量种子内部的三维结构等。